Ton schéma initial (avec une coupure en aval du coeur sur chacune des voies, directe et déviée) est le plus "béton", puisqu'il correspond au standard préconisé par PECO. Le mieux est donc que tu restes là-dessus.
Après, il faut vérifier comment sont connectés (par construction de l'aiguillage) les 12 tronçons de rail qui constituent l'aiguillage.
Si chacune des 4 files de rail (2 files pour chaque branche du croisement) est continue d'une extrémité à l'autre du croisement, alors en effet, il faut mettre les coupures somme tu les as mises, et en effet, il ne doit pas y avoir à rajouter de connexions aux JK sur le croisement lui-même.
Ajout: je viens seulement de voir la réponse de Michel qui confirme ci-dessus.
JP